Не менее интересен на Беглицкой косе животный мир. Только бентосные ракообразные составляют в этом районе около 60 видов. Здесь обитает ряд полихет, американский солоноватоводный краб (после штормов его трупы часто встречаются на берегу), один вид креветки, морской желудь, много видов моллюсков, другие водные беспозвоночные, среди которых около 25 видов -реликтовые.
Богато представлена на этой косе фауна насекомых. Здесь сохранились многие редкие виды, специфические энтомокомплексы морских побережий с псаммофилами, галофилами. Обычны различные энтомофаги, опылители и другие полезные насекомые. Только представителей относительно небольшого в видовом отношении семейства роющие осы здесь А.В. Шкуратовым выявлено более 20 видов. Значительно большим видовым составом представлены жужелицы, стафилиниды, пластинчатоусые, долгоносики, листоеды, пчелиные, ежемухи и многие другие группы насекомых. Из пауков часто встречаются представители пауков-волков (в том числе русский тарантул), гнафозид, пауков-скакунчиков, линифий, пауков-пигмеев и других семейств.