Обычны на косе водяной и обыкновенный ужи, желтобрюхий полоз, прыткая ящерица, встречающаяся нередко в массовом количестве. Наиболее многочисленны и разнообразны из наземных позвоночных на Беглицкой косе птицы. В течение всего безморозного сезона на косе и омывающих ее соседних заливах постоянно встречаются многие чайки, крачки, нырки, утки и другие птицы.
Из млекопитающих обитают еж белогрудый, бурозубки малая м обыкновенная, белозубки малая и белобрюхая, ласка, каменная куница, большой тушканчик, суслик малый, хомяк обыкновенный. По берегам Беглицкого залива расселилась водяная полевка. Иногда встречается обыкновенная лиса, которая вместе с куницей успешно охотится на многочисленных здесь птиц, грызунов. Отмечены мыши домовая и лесная, хомячок серый, полевка обыкновенная.
ПП Беглицкая коса имеет важное природоохранное и рекреационное значение. Состояние удовлетворительное.