Охрана ВБУ осуществляется органами местного
самоуправления в границах своих муниципальных образований, охотпользователи на охотугодьях.Управление охраной водно-болотных угодий международного значения осуществляется Главным управлением природных ресурсов и охраны окружающей среды МПР России по Ростовской области, Управлением по охране, контролю и регулированию использования охотничьих животных Ростовской области, Комитетом по охране окружающей среды и природных ресурсов Администрации области.
В теневой список ВБУ, имеющих международное значение и рекомендуемых для внесения в официальный, включен Нижний Дон (№ 80, в т.З ВБУ России - № 56). Он охватывает площадь поймы Дона от Цимлянской плотины до дельты включительно (284 тыс. га). Придание данной территории статуса ВБУ международного ранга в настоящее время проблематично из-за интенсивного хозяйственного использования поймы после зарегулирования стока Дона. По нашему мнению, более реально и целесообразно придание ВБУ международного ранга дельте Дона (Миноранский и др., 2000).