Основными резерватами биоразнообразия региона, помимо имеющихся ООПТ, являются неиспользуемые, слабо и нерационально используемые природные экосистемы. Особенно остра проблема с естественными степными биоценозами. На Дону сохранилось 17,3% территории области, занятой степями, из которых 32,5% - крайне нарушены (Паршутина, 1997). Важно провести учет, картирование и комплексное обследование всех сохранившихся природных экосистем области, организовать на них систематический мониторинг за состоянием, выявить ценные резерваты биоразнообразия, места обитания редких видов, уникальные экосистемы. На базе этих материалов составить кадастр природных и нарушенных степных земель, наладить охрану сохранившихся природных биоценозов, создать новые
ООПТ и, прежде всего, заповедники, национальные парки, заказники.